Embora o Mangekyo Sharingan seja um doujutsu poderoso que concede melhorias e habilidades exclusivas ao seu portador, muitos fãs de Naruto se perguntam se ele oferece imunidade contra genjutsu.

Isso acontece porque o conceito de genjutsu pode ser subjetivo, deixando margens para interpretações. Em termos simples, o genjutsu é uma técnica que usa chakra para atacar a mente do alvo, criando ilusões e enganando seus sentidos.
Como o Mangekyo Sharingan aprimora as habilidades perceptivas do Sharingan, seu portador consegue perceber mais facilmente se um genjutsu está sendo lançado ou se o fluxo de chakra está instável devido a um genjutsu.
Portanto, embora essa informação nunca tenha sido confirmada claramente na franquia, é sugerido que os portadores do Mangekyo Sharingan possuem pelo menos resistência contra genjutsus visuais. No entanto, essa resistência não se aplica a outros tipos de técnicas ilusórias, como aquelas baseadas em som.

Da mesma forma, teoricamente, o Rinnegan funciona de maneira semelhante. Embora Sasuke tenha conseguido resistir ao Tsukuyomi Infinito lançado por Madara, os Caminhos de Pain foram afetados pela Ilusão Demoníaca: Confronto do Canto de Sapo, um genjutsu sonoro lançado por Shima e Fukasaku, durante a luta de Jiraiya contra Pain.