Os fãs de quadrinhos ficaram curiosos sobre como o Homem-Aranha seria incluído na trama de Capitão América: Guerra Civil, pois além de sua ligação com Tony Stark, um evento importante na vida do Cabeça de Teia também acontece:

A revelação de sua identidade secreta para o mundo. Embora essa história tenha sido explorada no Universo Cinematográfico da Marvel em Homem-Aranha: Sem Volta Para Casa, houve algumas diferenças em relação aos quadrinhos.
O evento Guerra Civil, lançado em 2006, prometia colocar heróis contra heróis. A minissérie de sete edições afetou todos os quadrinhos solo e de equipe da época e girava em torno da Lei de Registro de Super-Humanos, imposta pelo governo após um acidente trágico causado por um grupo de heróis. Essa lei exigia que todos os heróis uniformizados revelassem suas identidades e fossem supervisionados pelo Estado. Isso levou a comunidade heroica a se dividir em duas: aqueles que apoiavam a Lei, liderados por Tony Stark, e aqueles que eram contra ela, liderados pelo Capitão América

No entanto, o confronto entre esses dois grupos não se limitava apenas ao combate físico. Os personagens também precisavam lidar com a aceitação do público e com a mídia. Como um bom “profissional de relações públicas”, Tony Stark oferece um emprego e segurança a Peter Parker, desde que ele se junte ao seu grupo e revele sua identidade ao mundo. Isso nos leva a uma cena em que vemos Peter falando às câmeras, explicando os motivos pelos quais está fazendo isso e retirando sua máscara, revelando sua verdadeira identidade e surpreendendo algumas figuras, como J. Jonah Jameson.
“A Lei de Registro de Super-Humanos nos dá uma escolha: Nós podemos continuar a tendência que o Capitão América defende e ter pessoas com poderes completamente soltas… Ou podemos ter super-heróis legitimados e que poderão conseguir a confiança do público”.
Peter Parker
No final do arco da Guerra Civil, as coisas não estão indo tão bem para o Homem-Aranha. Além de ver a si próprio e sua família sendo atacados por vilões, ele também precisa lidar com sua identidade revelada em um mundo pós-Guerra Civil. Em 2007, os roteiristas tentaram lidar com essa situação em Um Dia a Mais, colocando o herói em um acordo com Mephisto. Esse acordo incluía a segurança de Tia May, que estava à beira da morte após um ataque de vilões, e a identidade do Homem-Aranha retornando ao status de anônima. Em troca, Peter acabou com seu casamento com Mary Jane.